潜伏期１～５天，在外生殖器皮肤上发生一个红斑或脓疱，早期脓疱擦破形成边缘不整的潜行性溃疡，软，呈炎症性增厚，为圆形或椭圆形，周围的皮肤轻度充血，基底覆盖着污秽的脓性分泌物，且易出血。由于自家接种传染，周围可出现卫星状溃疡，局部有触痛. 

男性好发于包皮,龟头、肛门。女性好发于阴唇、阴蒂、尿道、宫颈、肛门。生殖器以外受累的主要部位有手、眼险、唇、舌、乳房，但很少见。 

大多数病例有腹股沟淋巴结肿大，称此淋巴结为横痃。肿大淋巴结表面发红，变软，可破溃。近代由于磺胺、抗生素类药物应用已不易破溃。肿大淋巴结有触痛，因此称痛性横痃。横痃一般只发生一侧（多发左侧）。 

软下疳的病程不定，若不治疗可以持续数周。可有混合感染（继发螺旋体感染）出现腐蚀性或坏疽性溃疡。可并发严重包茎。